Najbliže prvotnemu študijskemu namenu Slovenika so bili teološko-pastoralni tečaji za mlajše slovenske duhovnike, ki jih je zavod organiziral v letih 1987–1997. Z njimi se je dejavno vključil v pomembno nalogo vsake krajevne Cerkve danes, da skrbi za permanentno izobraževanje duhovnikov (npr. Dal vam bom pastirjev, 70sl.).

Tečaji so bili redno v januarju, od praznika Gospodovega razglašenja do konca meseca. Obsegali so predavanja, obiske osrednjih rimskih cerkvenih ustanov in srečanja z njihovimi odgovornimi, oglede pomembnih kulturnih znamenitosti, srečanja z živimi župnijskimi ali drugimi cerkvenimi občestvi v Rimu, izlete v bližnje ali tudi bolj oddaljene zanimive versko-kulturne kraje, počitek in medsebojno druženje. Predavatelji so skušali predstaviti sodobne poglede z glavnih teološko-pastoralnih področij.

Skupno se je teh tečajev udeležilo okrog 150 slovenskih duhovnikov iz domovine, zamejstva in izseljenstva.